Segundo Impacto:
Tiempo después, SEELE descubrió cerca del Mar Muerto unos manuscritos, una "teoría" redactada por la antigua generación de Lilim (humanos) antes del Primer Impacto, los cuales explicaban la historia narrada de dicho evento. Según este, por un tiempo indeterminado de años, la Habitación de Gauf se vacía y todo su contenido tiene que volver a empezar. Los individuos que tomaron posesión de estos escritos pretendieron cambiar el curso de lo predicho por estos manuscritos al intentar tomar un camino no escrito y compararse a un Dios por méritos propios, utilizando las enseñanzas contenidas en este documento.

Los manuscritos manifestaban que en el año 2000 se produciría el vaciado del cuarto de Gauf nuevamente con la ayuda del Adán localizado en la Luna Blanca y si era despertado, vendrían otros como él en su búsqueda. Siguiendo las predicciones de los manuscritos, SEELE envía una expedición de científicos al Polo Sur bajo el patrocinio de las Naciones Unidas, liderada por el Doctor Katsuragi (padre de Misato Katsuragi). Pero los humanos no solo querían capturarlo, sino manipularlo y devolverlo a su estado embrionario, con el cual la raza humana podría forjar su propio destino. Los pergaminos decían que si cierta lanza encontrada cerca del Mar Muerto (Lanza de Longinus) hacía contacto físico con la fuente de energía, el gigante se reduciría al tamaño de embrión, y este hecho retrasaría la llegada de los otros Ángeles que irían cayendo desde el cosmos. La versión del Dr. Katsuragi decía que si la Lanza hacía contacto con la fuente de energía, el gigante obtendría vida eterna sin necesidad de ningún combustible, cosa que no sucedió.

Llegado el miércoles 13 de septiembre de 2000 y hallado el gigante por los científicos (llamado Adán y calificado como el primer Ángel), se debía realizar el experimento. Durante éste, Dios enfureció al comprobar que los humanos lo desobedecieran respecto al destino de la raza humana; les castigó haciendo que Adán causara una explosión matando a los científicos enviados por SEELE, derritiendo gran parte del hielo del polo, aumentando el nivel del mar y matando a 2000.000.000 de personas. Adán quedó reducido al tamaño de un embrión y el objetivo principal del experimento fue satisfactorio para SEELE.

Su segundo castigo fue vaciar totalmente la habitación de Gauf, (un salón donde se encuentran todas las almas de los humanos. Según la tradición Judía, el número de almas no es infinito, por lo que cada cierto tiempo Dios vuelve a llenar dicha sala) causando que todo aquel que naciera a partir de esa fecha no tendría alma, o sea, que ni Shinji, ni Asuka ni ningún niño nacido después de esa fecha poseería alma. La única que consiguió tener alma fue Rei Ayanami, creada artificialmente e implantada, siendo así el único recipiente con alma de 14 años.

Años antes en Hakkone habían tomado cuenta de que, tal y como figuraba en los manuscritos, bajo tierra había una cavidad esférica (La Luna Negra), donde residía otro gigante. A este lo llamaron Lilith. Era la madre de todos los humanos, la creadora de los primeros seres humanos de esta época. Fue entonces cuando los 12 hombres más poderosos del mundo decidieron desarrollar el "Plan de Complementación Humana".

En el año 1999, SEELE contrató a Gendou Rokubungi para colaborar con sus planes. El mismo se casa con una brillante estudiante de Ciencias Biológicas llamada Yui Ikari y cambia su apellido por el de su esposa llamándose Gendou Ikari. Llegando a un acuerdo con las Naciones Unidas, SEELE logra hacer pública la noticia de que la explosión que sucedió en el año 2000 fue a causa de la colisión de un meteorito, ocultando la versión oficial y dándole el nombre de Segundo Impacto.

En 2003 en Hakkone, SEELE crea la organización llamada GEHIRN, destinada a detener los futuros ataques de los Ángeles restantes. Para esto se construyen los Evangelion, clones de Adán, y dicho plan se llama "Proyecto E". Al mando de la organización se encontraba Gendou Ikari con la Dra. Naoko Akagi, quien por aquel entonces diseñaba el Supercomputador Biológico MAGI para controlar la parte tecnológica de dicha organización. Sobre la cavidad que contiene a Lilith se empieza a construir la tercera ciudad de Tokio, que se llamó Tokio-3.

En el año 2004 se terminan las primeras unidades Evangelion y la encargada de realizar las pruebas de sincronización es Yui Ikari, pero durante el proceso, el segundo prototipo EVA-01 absorbe el alma de esta tras alcanzar el 400% de sincronización. También se especula que ella misma provocó el accidente para así poder ser el alma del EVA-01 y poder proteger a su hijo en el futuro o que sabía que podría suceder un accidente y quedar atrapada dentro del EVA. Tras la muerte de su esposa, Gendou desaparece una semana de la organización, pero con su vuelta trae nuevos proyectos, el llamado "Plan de Complementación Humana", luego de una reunión con SEELE.

En 2008, la Dra. Naoko Akagi termina el Supercomputador Biológico MAGI, y su hija Ritsuko obtiene un puesto en GEHIRN para trabajar en el "Proyecto E".

En 2010 la Dra. Akagi se suicida en la misma sala de controles, después de asesinar a la primera niña, Rei Ayanami. Existen varias versiones sobre su muerte: 1) que ella misma se arrojó sobre el panel de una de las MAGI; 2)que se disparó a sí misma; 3) que fue abatida por miembros de seguridad de GEHIRN; 4) que Gendou Ikari la mató, bien empujándola, bien de un disparo. Ese mismo día, bajo el mando de Kiel Lorentz, SEELE desmanteló la Organización de Investigación GEHIRN y creó la Organización Especial NERV para continuar con todos sus planes.

A mediados de 2015, aparece el ser denominado Tercer Ángel y allí comienza la serie de Neon Genesis Evangelion.

Tercer Impacto:
El Tercer Impacto supone el siguiente paso en la evolución humana, que se ha quedado estancada en su desarrollo al depender de su tecnología y no de las mutaciones para sobrevivir. Este paso se basa en la fusión de todas las almas en una sola, lo cual se podría hacer gracias a los conocimientos científicos y a los Manuscritos del Mar Muerto, que según la serie contienen información trascendental sobre el pasado y el futuro del género humano, como profecías y relatos perdidos.

El Tercer Impacto sucede en el transcurso de la película culminante de la serie, End of Evangelion en dos partes: Air/Love is destructive y The end of Evangelion/My true heart for you.

En ellas, una vez concluidos los ataques de los ángeles, SEELE intenta detener a Gendō quien continúa con su plan. Deciden entonces atacar a MAGI, luego a NERV con infantería y al final a los EVAs con más EVAs, los denominados "EVA series" (fabricados en serie). Gendō Ikari intenta continuar su propio plan de complementación humana, que se llevaría a cabo uniendo su mano con el embrión de Adán al alma de Rei. Una vez unidos Rei volvería a Lilith (ya que es clon de Lilith y Yui) y esta Lilith/Rei se uniría con el EVA-01 y eso ocasionaría el tercer impacto. Pero cuando Gendō intenta unirse a Rei esta se quedó con la mano y el embrión de Adán, uniéndose a Lilith y esta fusión se unificó con EVA-01, convirtiéndose en el alma de Yui (residente en el EVA-01). Conformándose como un nuevo dios (no físico), Shinji es elegido para decidir el destino de la raza humana.

Así que después de liberarlo, Yui dice que, haga lo que haga, estará bien. Se suceden escenas del pasado, cuando ella explica a un joven profesor Fuyutsuki que ella vivirá hasta el fin de los días en el EVA y que siempre estará con él aunque desaparezca el Sol, la Tierra y todo. En el mar de LCL, Rei le explica que el mundo en donde están ahora es en el que todo es parte de todo, y sin separaciones. Shinji decide que lo mejor sería volver a empezar de nuevo, y Lilith (es decir, la Rei gigante) le explica que todos vivirán separados por las paredes del alma (sus respectivos escudo AT). Pero la decisión es de Shinji, por lo que Rei se desintegra, vaciando la luna negra de todas las almas humanas.

Shinji despierta junto a Asuka en una solitaria playa, junto a un inmenso mar de LCL, y por unos instantes puede ver el fantasma de Rei, antes de observar la gigante cabeza de Lilith despedazándose, muchos decían y pensaban que Asuka era Eva, y Shinji era Adán, y muchos lo decían por que cuando Asuka ataca a las fuerzas de la OTAN, Seele dice: "Eva nos vuelve a dar problemas", y no se refieren a Asuka, sino al Evangelion, así que el Autor de Evangelion, tuvo que dar una conferencia para aclarar ese mal entendido aprovechando la ocasión para aclarar pequeñas dudas de el publico. Al final Shinji es Adán, Asuka es Lilith y Rei es Eva... Así que Shinji y Asuka se llevan mal, igual que Adán y Lilith; y en cambio Shinji y Rei se amaban, aunque nunca se lo dijeron ( Rei lo dice en "The end of Evangelion"). Entonces Shinji tiene que matar y expulsar a Asuka del "paraíso" para que pueda entrar Rei, que espera la expulsión de Lilith. Así que Shinji intenta matarla, pero Asuka reacciona de una manera tan fría que lo hace reflexionar.

Ángeles
Hijos de Adán, una de las dos semillas de vida que cayeron en la Tierra. Su objetivo es el de volver a su progenitor Adán, o bien eliminar a los lilims (humanos) de la faz de la Tierra para así lograr su supervivencia.

Tokio 03
Localizado en la superficie del Geo Frente con edificios que se retraen hacia la parte subterránea del nivel del suelo por motivos de seguridad. Otros edificios contienen pistas de lanzamiento y contenedores de armas para los EVAs.

Geo frente
El Geo frente es una caverna esférica protegida por 22 capas blindadas, ubicado de manera subterránea bajo la ciudad de Tokyo-3 y contiene en su interior la base operacional de NERV. Más tarde se revela que el Geofront es el Huevo de Lilith, del cual la humanidad ha nacido. Gendo Ikari dice hacia el final de la serie que la humanidad no creó el Geofront, en cambio lo encontró en ése lugar y decidió construir Tokyo-3 y el comando de NERV allí, además de expandir un poco el espacio interno a través de la creación de túneles para construir su base.

NERV
Anteriormente se llamaba Gehirn, pero con la muerte (suicidio) de la Doctora Naoko Akagui (creadora del Sistema MAGI) paso a llamarse NERV. La versión oficial dice que NERV es una organización dependiente de la ONU dedicada en cuerpo y alma a la reconstrucción y protección del mundo, con la función de estudiar y eliminar a los Ángeles. En realidad los verdaderos jefes de NERV son los miembros de la organización SEELE, con Keel Lorentz al frente. La mayoría de las acciones de NERV son llevadas a cabo por el comandante Gendō Ikari que ha obtenido así el control casi total de esta organización, volviéndose un difícil obstáculo para la propia SEELE.

El cuartel general está localizado en el Geo-Frente (especie de cueva subterránea de la cual el 89% esta bajo tierra), bajo Tokyo 3, y tienen una computadora principal a la cual llaman Magi. Cuenta también con una extensa y amplia área subterránea llamada Dogma Central y es ahí donde ubicaron a Lilith (el Segundo Ángel que llegó a la Tierra). NERV tiene una estructura militar, tanto en lo que a rangos y a orden de mando se refiere, como en la distribución de sus 7 secciones mundiales. Éstas están situadas en algunos de los países más poderosos del mundo que son responsables de su financiamiento. Las secciones más importantes están ubicadas en Japón, Estados Unidos y Alemania.

El nombre "NERV" en alemán significa "nervio". Su lema es: "God's in his heaven. All right with the world" (Dios está en su cielo. Todo está bien con el mundo), el cual es un fragmento de un poema de Robert Browning titulado Pippa Passes

Su emblema es la mitad de una hoja de higuera.

La hoja de higuera de acuerdo con la leyenda es el símbolo del pecado original que enlazó a Adán y Eva. Oculta incluso para la gran parte de los dirigentes del mundo, SEELE es en realidad la organización que los controla. Formada por doce de las personas más importantes del mundo, SEELE es una organización secreta que incluso existía antes del Segundo Impacto. Ocultaron la verdad acerca del Segundo Impacto y la existencia de Ángeles utilizando a la ONU como apoyo. El objetivo de SEELE parece dirigido por las previsiones que contienen los Manuscritos del Mar Muerto y el "Proyecto de Complementación Humana".

Manuscritos del Mar Muerto
Son una colección de casi 800 escritos de origen judío, escritos en hebreo y arameo por integrantes de la religión judía de los esenios, y encontrados en once grutas en los escarpados alrededores del mar Muerto. Los acontecimientos en Evangelion se desarrollan según el contenido de aquellos escritos.

Magi
Es el sistema de bio-computadoras diseñado por la Dra. Akagi para GEHIRN. Consiste en tres supercomputadoras interconectadas bautizadas con los nombres de los magos que visitaron a Jesús en su nacimiento, y representan diferentes aspectos de la personalidad de su creadora a través de un proceso creado por ella misma:

Melchor – Akagi como científica.

Baltasar – Akagi como madre;

Gaspar – Akagi como mujer.

Las supercomputadoras MAGI son usadas para operar la base de NERV y en efecto, "gobernar" Tokyo-3. Los tres subsistemas votan entre ellos mismos para determinar las acciones a tomar en la ciudad, la cual requiere en algunos casos la unanimidad como por ejemplo la auto-destrucción (aunque si dos de estos sistemas están de acuerdo y uno no, el personal de NERV decidirá qué hacer).

LA unidad original MAGI (MAGI 01) se encuentra localizada en la primera rama de NERV en el Geo-frente, pero otras descendientes de ésta tienen sus propios equipos MAGI localizados en:

MAGI 02: Matsushiro, Japón

MAGI 03: Berlín, Alemania

MAGI 04: EE.UU.

MAGI 05: Hamburgo, Alemania

MAGI 06: Beijing, China

Estas otras copias de MAGI aparecen en "The End of Evangelion" cuando, como parte del ataque de SEELE a NERV, intentan explotar la MAGI original, controlando la seguridad de NERV y forzándolos a rendirse. Ritsuko Akagi frustra la operación forzando a SEELE a utilizar las fuerzas especiales de la JSSDF. Más tarde Ritsuko intenta utilizar el sistema de autodestrucción de MAGI pero Gaspar se rehúsa a ejecutar la orden y tal comando no es aceptado. MAGI también es atacada por el ángel Iruel en el episodio 12.

SEELE
SEELE es un grupo hermético alrededor de su líder y probable creador Keel Lorentz, el presidente del comité y además presidente de Japón y de una junta permanente con las cinco naciones más poderosas del mundo y ante la cual responden todos los gobernantes mundiales incluido el comandante Ikari. Siguiendo los "Manuscritos del Mar Muerto" quieren llevar a la humanidad a otro grado de evolución: al espiritual. SEELE, como una organización secreta que existía incluso antes del Segundo Impacto, ocultan la verdad acerca del Segundo Impacto y la existencia de los Ángeles, utilizando su poder para abusar de la ONU y otros países. Después del Segundo Impacto, utilizó a la ONU para encubrirse y estableció el Comité de Complementación Humana y la agencia secreta NERV que sería la encargada de la construcción de la serie de los bioandroides denominados EVA.

El Plan de Complementación Humana de SEELE está estructurado de acuerdo a lo que estaba escrito en los "Manuscritos del Mar Muerto". El objetivo del plan es llevar a los humanos a un grado superior de evolución. Sin embargo, con la pérdida de la Lanza de Longinus, y luego la rebelión de Gendō Ikari, el comandante de la agencia secreta NERV, se volvió inevitable que el plan viera alterada su última fase.

"Seele" significa "alma" en alemán.

Luna Blanca
Descubierta bajo los hielos de la Antartida, es el "contenedor" del cuerpo de Adam (Madre de los Angeles, con la connotación de "Madre" que en la historia se le da). Fueron encontradas (Luna Blanca y Adam) por la expedición realizada en el 2000, expedición financiada por SEELE.

Luna Negra
Contenedor de Lilith (madre de la raza humana) descubierto luego del Segundo Impacto bajo los suelos de Japón. Lugar en donde se cree fue guardado, creada por una raza "antecesora" a la humana. En The End of Evangelion hace su aparición bajo el suelo de Japón y es la que da paso a la aparición de la fusion entre Lilith y Rei Ayanami, provocándose así el Tercer Impacto.

Dogma Central
Es una especie de pirámide de control central de NERV que está localizada en el interior del Geo frente. El Dogma Terminal, se encuentra directamente debajo. El Dogma Central toma este nombre de Dogma central de la biología molecular, que explica el mecanismo de transmisión y transcripción de la herencia genética.

Dogma Terminal
Es la parte más profunda del Geo frente, el lugar donde está encerrado Lilith y a donde intentan llegar los Angeles para unirse con Adam, hasta el momento en que Tabris (Décimo séptimo Ángel) descubre que quien está ahí es Lilith y no su objetivo, Adam.

El Árbol de la Vida
En el principio, cuando Dios creó el mundo salieron de él diez esferas de luz. Esas esferas están representadas en el árbol de la vida y cada una tiene un significado.

La primera esfera (la superior) representa a Dios y la última (la inferior) representa a la humanidad.

El árbol de la vida se ve de arriba hacia abajo. Las esferas que continúan a la primera representan: la sabiduría que proviene de Dios, el conocimiento iluminado por la sabiduría, el Amor, el Miedo, el Corazón divino, La parte masculina de la creación, la parte femenina, el sexo.

Según las teorías de evolución, una especie evoluciona porque debe adaptarse a su medio ambiente. Si una especie no puede evolucionar está destinada a la muerte para dar paso a una nueva especie que pueda seguir evolucionando.

En la actualidad, la raza humana no se adapta a su medio, la humanidad adapta el medio ambienta a su conveniencia. A medida que pasan las generaciones, ya no hay necesidad de que evolucionemos, entonces tenemos que desaparecer para dar lugar a una nueva especie.

¿De qué manera podemos evitar este futuro? la respuesta está en el árbol de la vida.

Esto es el planteo de NERV. La única evolución que nos queda es una evolución espiritual. En el árbol de la vida, los dos sephiroth más cercanos a Dios son: la sabiduría que proviene de Dios, el conocimiento iluminado por la sabiduría. Para ayudarse en este propósito, NERV utiliza a los ángeles, seres más cercanos a Dios y por lo tanto más evolucionados.